明朝政府恩准葡人在澳門通商居住。

天主教會在澳門建成了簡陋的小堂三座，即瘋堂(望德聖母堂) ，花王堂(聖安多尼堂) 和風訊 (順) 堂 (聖老楞佐堂) 。當時澳門天主教教會隸屬於麻六甲教區，由 (Pe. João Soares)蘇神父擔任麻六甲主教代表，駐於望德聖母堂。澳門教友約六百人。

Francisco Peres, Manuel Teixeira 兩位耶穌會神父，偕輔理修士 André Pinto 來澳工作。

耶穌會士建立第一間會院，位於聖安多尼堂側。

耶穌會士(D. Melchior Carneiro S.J.) 賈耐勞主教來澳。他蒞澳後，負責主持澳門教務，創建拉匝祿痳瘋院於望德堂後側。後來蒙教宗擢昇為澳門的第一任署理主教。

賈主教創建仁慈堂及白馬行醫院
(初名貧民醫院，俗稱醫人廟 )

元月二十三日，教宗額我略十三世，頒下 Super Specula Militantis Ecclesiae 諭旨，成立中國與日本教區，擢昇賈耐勞主教為署理主教，駐澳門，並立望德聖母堂為第一座主教座堂。

賈耐勞主教發起成立民選的市議會。同年葡國與西班牙宣告合併。

繼耶穌會士後，各修會先後來澳，設立會院。方濟各會士於一五七九年來澳，建天神之后聖母會院於現在的加思欄兵營地址；奧斯定會士於一五八六年來澳，建會院及恩寵之母小堂的崗頂 (即現今的聖奧斯定堂，古時華人稱之為龍鬚廟 )；多明我會士於一五八七年來澳，建會院於賣草地，聖堂則面向板樟堂前地，即今日的玫瑰聖母堂，又名多明我堂。 (華人稱它為板樟廟 )。

教廷下諭成立 Funai府內教區 (在長崎附近 ) 統豁日本傳教工作。日本教區仍與澳門保持很親密的聯絡。(日本豐臣秀吉執政 )

耶穌會士初創聖保祿書院，華人稱之為大三巴書院。早於一五八Ο年，耶穌會羅明堅神父已在大三巴山坡建造了一所小房子，作為講教授教理之用。至一五八二年，耶穌會士放棄舊會 院，遷居於大三巴山上的新建會院中，附設聖堂和學校。到一五九四年這所學校已昇格為學院 (當時的大學 )，院內會士三十多人，學生二百餘人，附設大修院。那時澳門正是商業繁榮的黃金時代。澳門教友已增至三千五百人。耶穌會士羅明堅、利瑪竇等神父到廣州、肇慶、韶關 、南京等地建堂開教，更於一六Ο一年到北京開教。

一六ΟΟ年

耶穌會士在大三巴山腳初建蔭庇之母小堂。該堂專為華人講授福音，招致仇教之忌，乘夜放火燒燬。現在澳門關前後街，葡名為 Rua Da Nossa Senhora Do Amparo，即蔭庇之母街，就是因為該堂所在而命名的。耶穌會士於是年興工建造壯偉的聖保祿大教堂及學院，該建築物到一六四Ο年才完全竣工。

耶穌會士和葡人開始建築大三巴大炮台，一六二六年才完成。自從一六四一年，麻六甲被荷蘭人攻領，澳門教區便開始代領中南半島傳教事業，並於一六一五年開教越南，一六二三年在柬埔寨開教，一六三三年到海南島開教。

教廷批准第一本天主教華語聖經和華語聖禮儀，為此事奔走的大功臣是比利時人金尼閣神父 Pe. Nicolás Trigault S.J. (葡國遠東傳教會會員 )

奧斯定會士在西望洋主教山建造靜院和小堂一座，稱為法國聖母院。荷蘭人進攻澳門，大敗而回。同年教廷成立傳信部。

聖嘉辣苦修女來澳，在嘉辣堂街(聖羅撒學校原址 )建立隱修院。

東望洋炮台建造完竣，台內的聖母雪地殿小堂，則早已存在。現在每年八月五日聖母雪地殿慶日，天主教教友仍往山上朝聖。炮台內的燈塔則建於一八六五年。

日本長崎教難，被殺害的中、日、葡、西、印等國船員和日本教友達六十一人，其部份遺骨現存放在聖若瑟修院中。同年葡國重新脫離西班牙獨立，引起戰禍連綿，澳門教區內情況混亂。

澳門教區雖歷經政治風波，教務仍突飛猛進。當時澳門教友達四萬人。

十七世紀末，葡人權威日漸減弱，國力無法支持全遠東之傳教事業。更兼與西班班戰爭關係，非葡籍傳教士備受歧視。教廷乃於一六五九年設立東京 (中南半島東京灣 ) 及越南兩個代牧區，兼理中國雲南、貴州、湖廣及四川傳教事業，葡人憑護教權向傳信部力爭，雙方爭訟數十年。

教廷為息事寧人，為更推廣中國教務，俯就葡人所請，建立北京及南京教區，由葡國遠東傳教會會士當主教。 澳門教區職權限澳門和兩廣。

教廷再設立東京、福建、浙江、江西、湖廣、雲南、四川、山西和甘肅各代牧區，中國教務全部脫離澳門教區影响。當時澳門教友大約有二萬人。區，中國教務全部脫離澳門教區影響。當時澳門教友大約有二萬人。

嘉撒爾主教創立紅衣司鐸團 (又稱教區參議會 )。

馬六甲葡裔教友建造聖伯多祿聖堂，即現在澳門轄下的聖伯多祿堂。

由十七世紀末葉開始，在中國工作的各國傳教士對敬孔敬 祖問題發生嚴重歧見。至教宗依諾森十二世時，教廷下令禁止敬孔祭祖，派鐸羅主教大使來華。他於一七Ο五年到達澳門，經過很多波折後，於一七一 Ο年病逝於被軟禁的崗頂聖奧斯定堂會院內。

教宗派嘉樂大使經里斯本乘船來澳。澳門主教宣誓服從宗座禮儀禁令，禮儀紛爭，便暫告一段落。教宗大使回國時，把埋於奧斯定堂的鐸羅大使遺骨，携回羅馬安葬。

耶穌會士創立聖若瑟修院，並於一七五八年建造美麗絕侖的修院聖堂。聖保祿書院專為培育日本之神職，而聖若瑟修院則專為栽培在中國傳教的神職人員。當時華人稱前者為「大三巴」，後者為「三巴仔」，流傳至今。

清雍正帝發動教難，驅逐教士出境，只有澳門遠東教會會員則稍獲優待。葡國反對神職界的龐培任首相，乃下令驅逐耶穌會士，澳門教區元氣大傷。龐培首相也做了一 件大好事，嚴禁買賣奴隸，下令澳門政府解放一切奴隸，給予自由。

建立美麗絕侖的三巴仔聖堂。

繼葡國及歐洲各國之後，教廷也被迫解散耶穌會。葡國遠東傳教會，因骨幹人員大部份為耶穌會士，因此大受影響；教堂、修院、會院空置，直至一七八四年，遣使會士來澳接管聖若瑟修院，問題才算局部解決。